Începe o perioadă dificilă pentru oraş. Viaţa era grea, autorităţile turceşti inventau tot felul de biruri, printre ele şi dişhakî – taxă plătită de gazdă, pentru oricare turc ce se ospăta în orice casă intra ; târgoveţii erau folosiţi abuziv la corvezi, de aceea mulţi harabagii sau vâslaşi fugeau, astfel apăreau zurbagii, haramii şi şaitanici oglurari – haiduci ce jefuiau negustorii, dar iubiţi de popor şi cântaţi în balade, precum Boloboceanu, Creţu sau fraţii Chiralinei.
Doar casele vechi ale centrului, mai păstrează acel aer misterios, ceva din culoarea trecutului, câteva obiecte sunt la Muzeul Brăilei sau pe la colecţionari.
Cetăţenii sunt cunoscuţi, astfel că la 13 august 1565, jupân Cristian şi soţia sa Rada, români din Brăilă, fac danii mănăstirii Snagov.
În 1565 se înfiinţează Tuna Kapudanligi – Căpitănia de port, iar după 1569, marele port era calificat drept „schela Munteniei şi Moldovei”.
Ioan Vodă cel Cumplit, ajutat de cazaci arde oraşul în primăvara lui 1574, fără a cuceri cetatea, deoarece tătarii trec Nistrul îndreptându-se spre Brăila ; cronicarul polonez L. Bielski scria că soldaţii au luat „mult aur, argint, bani bătuţi, nestimate şi mărgăritare, oraşul era cel mai avut în acele părţi”.
Iată şi relatarea lui Miron Costin, în Letopiseţul Ţării Moldovei : Au doborât palisada ( gardul – zid de pământ întărit cu nuiele împletite), intrând în târg au tăiat pe turcii din Brăila, cât nici câine n-a rămas viu şi curgea sângele pârâu în Dunăre ; şi-au dat foc de au ars tot târgul şi multă avere au luat şi scule de aur şi argint şi mărgăritar mult, că era bogat acel târg, nefiind prădat niciodată de când l-au doborât turcii în seama lor.
Situarea Brăilei la intersecţia drumurilor comerţului internaţional, ca „drumul Braşovului”, „drumul moldovenesc” şi „drumul turcesc” trans-dobrogean, cât şi 
poziţionarea pe segmentul maritim al Dunării i-au conferit premisele naturale ale asumării acestui rol, otomanii numind-o „kilerul (cămara) imperiului”.
Petre Şchiopul se refugiază aici in 24 aprilie 1574, după încercarea de a lua tronul Moldovei, este urmărit de Ioan Vodă – care ocupă oraşul.
În anul 1587, Brăila avea 23 de cartiere, 745 de gospodării ( hane ), 3400 hectare, dregătorul
( capuchehare – kapukehayasi ) ţine legătura între populaţia raialei şi imperiu ; portul era condus de un intendent ( emin ), pescăria administrată de nazâr, în zona fluviului erau aşezaţi cu rosturi militare irucii – triburi seminomade din Asia. Populaţia avea îndatoriri fiscale destul de grele, 31 de lei anual de familie, clacă cu plugul, 3 taleri la Mitropolit şi altele.
Mitropolia Proilaviei îşi avea sediul aici ( la 1590 ), Patriarhia Constantinopolului emite un act sinodal, semnat de 108 ierarhi, printre ei – Nectarie şi Antim din Brăila ; creştinii din Dobrogea şi din raialele de la nordul Dunării aparţineau de Mitropolie.
Mihai Viteazul, atacă oraşul în 1593, lăsând aici un dregător, iar în decembrie anul următor, oastea domnitorului execută un raid fulgerător, cetatea fiind apărată de 3000 de turci ; noul atac are loc pe 16 aprilie 1595, cu tunuri şi 16.000 ostaşi – conduşi de banul Manta şi A. Kiraly.
Turcii se retrag, le rămân proviziile şi aurul, după cum scriau documentele : Braillam quam obsessam fuisse…, în Tratatul de la Alba Iulia, se spunea că la Brăila s-a aflat ein grossen Vorrat Proviandt ( 26 aprilie 1595 ). Haiducii de pe fluviu prind pe turcii ce fugeau, găsindu-le aurul ascuns în pâini, măcelul din cetate era povestit în Europa . Otomanii vor reveni cu 60.000 de soldaţi, conduşi de Ferhat – Paşa, dar vor fi alungaţi.
În timpul verii ( luna august ), Sinan – Paşa ocupă pentru scurt timp cetatea, chiar reparând zidurile cetăţii, dar oastea lui M. Viteazul ocupă oraşul ( în octombrie ), 300 de turci mor înecaţi ; în februarie 1596, turcii ajutaţi de tătari fac o incursiune spre Brăila, cucerind-o, dar fug pe malul drept , la sosirea corpului de oaste muntean. Voievodul Mihai, ridică în oraş o biserică cu hramul Sf. Nicolae ( dărâmată la revenirea turcilor în 1602 ).
VA URMA